「九月政爭」衍生的王金平黨籍存續官司，
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，選後是否休兵，
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，成為代理主席吳敦義第一個待解難題。身為黨內接班熱門人選，
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，夾在馬王之間，
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，得思考是馬規吳隨，
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，繼續纏鬥下去？還是走自己的路？兩者都牽動黨內勢力的合縱連橫。即使一敗再敗，
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，黨內苦口婆心，
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，甚至是下台前夕，馬王和解、撤銷告訴的呼聲在黨內不曾停過，但馬英九始終不為所動，堅持告到底。如今馬英九下台，王金平黨籍案列為敗選「檢討」的第一案，隨著黨內「多數民意」匯集，吳敦義自是難以迴避。雖然自許2016大選的king-maker，只差大位一步之遙的吳敦義，私下動作不斷，譬如建立和黨內大老每月定期聚會的互動模式，當中包括在國會有絕對影響力的王金平；因此，在馬英九發出對王金平的「追殺令」時，吳敦義在決策會議上是獨排眾議，力主事緩則圓的。雖然馬英九執意「滅王」，但今年3月，就在王金平黨籍案官司宣判前夕，吳敦義還是與黨內及企業界大老，一起為王金平慶祝73歲生日。黨內明眼人都看得出來，去年十九全，提案力主讓王金平有尊嚴地恢復黨籍的中常委林榮德，就是標準的吳系人馬。基於政治倫理，吳敦義從未公開對王金平的黨籍官司表示意見，但「心證」黨內人士多少可以掌握。只是如今當家，更盱衡全盤情勢，與王金平眉來眼去，或許馬英九可以睜一隻眼，閉一隻眼，如果踰越底線，只怕形同挑戰其領導權威，自是不利其問鼎大位。況且，黨內最大諸侯、新北市長朱立倫至今未對黨主席選舉表態，未來動向更是牽動與台北市長郝龍斌、王金平等競合關係；雖然有黨內民意的聲援，自主意識抬頭的立委更是一股不能輕忽的力量，但面對百廢待舉的頹勢，吳敦義任何一步都必須斟酌再三。，