海洋事務部之設立在民進黨執政時，
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，因朝小野大之故無法實現。繼任之馬政府又未能堅守其「藍色革命、海洋興國」之政策理念與設立海洋部之承諾，
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，而提出海洋委員會作為妥協。故，
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，吾人可視海洋委員會為邁向海洋部的「過渡機關」，
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，而其下新增之海洋保育署職掌的設計則旨在彌補現行漁業署、環保署視野與職能之不足。吾人皆知，
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，現行農委會漁業署之「核心價值」在於「捕撈」與「補貼」，
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，在意於水產品捕撈之經濟價值與經由補貼照顧所謂弱勢漁民，明白排斥國內或國際許多海洋保育之訴求。故，不如就將漁業署視為一個經濟產業機關，而將海洋生物資源保育之價值與工作劃給海洋保育署。同理，現行環保署或未來之環境資源部的工作重點落在陸域之環境保護，且就如同聯合國祕書長每年向聯合國大會所提出之「海洋與海洋法」報告書中所述，陸源汙染物向海之排放，造成了海洋環境汙染的80%，環保署只要管好陸域之環境汙染，就對得起海洋的保育了。剩下20%的海洋汙染來自船舶、海床活動（譬如海底電纜、管道鋪設、海洋工程活動等）、傾倒與大氣汙染源，則可交由海洋保育署進行專業的處理。這種陸域與海域的分工與合作，亦符合1982年聯合國海洋法公約第12部分中對海洋環境汙染來源之分類。海洋保育署 純文人機關再者，海巡署作為一個海域與海岸的執法專責機關，在本質上就一直會有N＋1個公婆，只要其他任何一個目的事業主管機關之政策與業務涉及海洋面向，就自然會需要由海巡署執法，包括現行海洋國家公園及未來可預見的海底電纜管道保護區、水下文化資產保護區、海洋工程設施與結構之安全區的執法工作等。海洋保育署作為一個文人機關，自己並不需要建構其海域執法「力量」。國際趨勢（中國大陸最近亦是如此）多在結合海域執法力量於單一的海域執法機關，台灣不會、也不應走回頭路。海巡署之所以「降階納入」海洋委員會為其下屬機關，其目的即係在使海洋專責機關之下有自己的執法機關。從扁政府至馬政府將近15年來，我國一直無法在設立海洋部議題上「一步到位」。當面對國家海洋發展遲緩及東亞海洋局勢日趨嚴峻之際，仍請社會正面看待今日海洋機關的體制建構，並期盼海巡機關部分同仁，以國家永續發展為念，不要再因圖謀個人在海洋委員會及海洋保育署中之職位，而戕害憲法軍文分治的精神與規定。（作者為中山大學海洋事務研究所所長），