國內棒球界在中職成立後不久即逐漸產生矛盾，
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，從中職vs.棒協到中職vs.那魯灣，
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，再到中職vs.棒協，
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，不停的內訌造成無謂的虛耗，
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，就這樣過了20幾年。
中職首任會長唐盼盼，
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，也是棒協理事長。惟職棒、業餘一元化領導並不符合時代潮流，
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，中職、棒協終究於幾年後分道揚鑣。
當時業餘強隊想加盟中職，
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，中職還不時向業餘挖角；為保持中華隊實力，棒協還與中職訂定「24歲大限」，後來再下修為「22歲大限」，希望守住學生球員。
接下來則轉換為中職、那魯灣的戰爭。1995年邱復生因競標電視轉播權失利，自組那魯灣公司、以台灣大聯盟與中職分庭抗禮，直到2003年初才併入中職。這段期間兩聯盟惡鬥，加上賭博放水猖獗，堪稱國內棒運黑暗期。
此時棒協理事長是陳盛沺，他也是台灣大聯盟發起者之一。1997年彭誠浩起而挑戰他，翌年彭終於贏得理事長寶座，其影響力也延續到目前的棒協。
彭誠浩上台後，棒協與中職的關係大致友好，國家隊徵召球員也大都以中職為主，合力創造新氣象。加上旅外球員漸成氣候，才有進軍2001世界盃、03札幌亞錦賽、04雅典奧運、06杜哈亞運、08北京奧運的榮景。
不過後來也因徵召問題，讓中職覺得不受尊重，加上某些利益衝突而摩擦。近兩年更因爭奪國家隊主導權，從備戰第3屆經典賽起即漸行漸遠，加上這次台日賽推波助瀾，簡直形同陌路。
環顧過去的棒壇內訌，兩聯盟亂鬥時猶可視為經營策略、理念之爭；中職的「一公司一球隊」與那魯灣的「一公司多球隊」，最後由市場做了抉擇。
如今兩聯盟已合併，路線之爭亦成過去，棒壇實無必要再因小事而持續內耗，弄到中職、棒協「一加一小於二」，難道會是棒壇人士所樂見的結果？，