環評委員認為對環境衝擊太大，
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，退回北宜新線鐵路開闢計畫，
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，並建議另尋替代方案。交通部做好了「沒有北宜直鐵」的打算，
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，改從改善公路與花東列車方面著手。2004年起花費約132億元，
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，購買共124輛傾斜式列車─太魯閣及普悠瑪號，
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，以及花東鐵路截彎取直與雙軌化、電氣化，
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，台北到東部的行車時間縮短到4小時內，
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，提高民眾搭乘火車的意願。但宜蘭民眾要求北宜直鐵聲浪仍沒有停止，
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，交通部2011年2度提出北宜直線鐵路方案。其中，方案一為「南港到頭城」直線路線，但這條路線穿越翡翠水庫，雖然符合立委要求，卻可能遇上環保問題，因此同時加上方案二「南港到大溪至頭城」的替代方案。穿越水庫的路線和初次提出的路線類似，都通過水源保護區，而且穿越翡翠水庫，引起北市府強烈拒絕，讓直線到達宜蘭的路線敗給繞過水庫的方案二。鐵路局今年4月確定路線後，正在進行後續作業，民眾認為直線鐵路已經無望之際，柯文哲選上台北市長，昨天又提出爭取直線鐵路，使南港直通頭城的路線，再度復活。，