不過，
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，陳良基坦言，
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，教育部近年來大砍邁向頂尖大學計畫經費，
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，已對台大造成影響。過去在頂大經費支持下，
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，幾乎世界所有大學聯盟會議都能參加，
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，但經費縮水後，
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，只能選擇性參加，
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，由於國際聲望和學術曝光度、能見度有關，若教育部再一直砍下去，台大排名恐會持續下滑。台大研發長李芳仁分析，這項排名主要是「聲望」調查，也就是詢問學界對各大學的主觀印象，比較容易有變動，但各種國際排名結果，台大都會做為參考和警惕。李芳仁強調，台大現在正處於爬到半山腰階段，相對來說，大陸重點學府經費都持續「加碼」，教育部卻刪減頂大經費，令人憂心。教育部政務次長陳德華回應，國際有很多大學排名，都可作為辦學參考，但不用太在意排名變化，否則就會被指標牽動。他強調，頂大計畫前幾年投入大量資源在硬體建設，因此，目前應思考投資軟體上，把資源運用的更有效率，同時，大學要對社會有實質貢獻，這也是「後頂大計畫」重點。，