國道計程收費上路第一周就爆發重複扣款亂象。遠通電收統計，
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，本月3、4日總計有121位車主的通行費，
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，因後端重複交易檢核機制在匯入後端帳戶系統時，
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，未完整傳送資訊，
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，導致重複出帳，
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，已退還通行費。但不會有通則性的「加倍奉還」。
據了解，
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，遠通之所以出現重複扣款的錯誤，
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，除了上線後的資料量龐大，從計次收費時每天100萬筆暴增為每天1400萬筆，問題癥結也與元旦當天遭受駭客惡意攻擊相關。
遠通在元旦推出新版ETC APP，卻在3.5小時遭受82億次惡意攻擊，造成APP被迫下架、部份超商無法儲值，衍生的後續連鎖效應，又以重複扣款最為嚴重。
遠通技術處副總經理吳忠潔表示，系統上線後資料庫交易量大，導致資訊傳輸緩慢，的確有很多地方需要調整。他並證實，「APP受到攻擊時，會對其他系統產生牽制。」
吳忠潔指出，121名重複扣款的資料在後方檢核機制當中有發現，但匯入帳戶時並不完整，系統已進行調校、優化。目前車輛過站之後的交易資訊，還會新增一道人工辨識、二度核對異常交易的手續，以減少出錯頻率。
遠通發言人周世惠指出，121名重複扣款的車輛，多扣的通行費平均多在10元以下，遠通只退回通行費，補償機制將依個案認定處理。
吳忠潔強調，駭客惡意攻擊的僅遠通官網的外層伺服器，唯一被取走的只有管控該台電腦的帳號，並未取得密碼，也沒有拿走任何用路人個資。網路上流傳的資料庫目錄，經查證並非遠通所有，也絕非民眾的監理資料。，